4.1. Комитет возглавляет I Заместитель Главы администрации Агинского Бурятского автономного округа - председатель Комитета по финансам, назначаемый Главой администрации.
4.2. Председатель Комитета (далее - Председатель) осуществляет руководство деятельностью Комитета на основе единоначалия и несет ответственность за выполнение возложенных на Комитет задач и осуществление им своих функций;
4.3. Председатель имеет двух заместителей, назначение и освобождение от должности которых осуществляется председателем Комитета после согласования с Главой администрации округа.
4.4. Комитет для осуществления своих полномочий имеет территориальные органы - Агинский, Дульдургинский и Могойтуйский финансовые отделы. Отделы возглавляются заведующими, которые назначаются Председателем Комитета после согласования с руководителями администраций соответствующих районов.
4.5. Председатель:
1) действует без доверенности от имени Комитета, представляет его в органах государственной власти, местного самоуправления, организациях и учреждениях;
2) издает в пределах своих полномочий приказы, инструкции и иные правовые акты, подлежащие обязательному исполнению работниками Комитета;
3) назначает на должность и освобождает от должности работников аппарата Комитета;
4) утверждает структуру и штатное расписание Комитета в пределах установленной численности и фонда оплаты труда, смету расходов на его содержание в пределах утвержденных законом о бюджете на соответствующий финансовый год ассигнований;
5) распределяет обязанности между заместителями председателя Комитета, утверждает должностные инструкции работников аппарата Комитета;
6) подписывает договоры и соглашения от имени Комитета, представляет интересы Комитета в государственных и иных органах, организациях и учреждениях;
7) распоряжается в соответствии с действующим законодательством средствами и имуществом, закрепленным за Комитетом на праве оперативного управления;
8) применяет к работникам Комитета меры поощрения и налагает на них дисциплинарные взыскания в соответствии с действующим законодательством; а также представляет в установленном порядке особо отличившихся работников Комитета к присвоению почетных званий округа и награждению государственными наградами Российской Федерации;
9) применяет предусмотренные бюджетным законодательством Российской Федерации меры принуждения к нарушителям бюджетного процесса;
10) осуществляет другие полномочия в соответствии с действующим законодательством Российской Федерации и Агинского Бурятского автономного округа.