В соответствии со ст. 6 Устава, Агинский Бурятский автономный округ имеет собственную символику: герб и флаг.
27 ноября 1996 года окружной Думой принят закон "О гербе и флаге Агинского Бурятского автономного округа", в соответствии с которым "Флаг Агинского Бурятского автономного округа представляет собой прямоугольное полотнище из трех равновеликих горизонтальных (верхнего - белого, средней - синего и нижней - красного цвета, цвета флага РФ) и вертикальной желтого цвета полос".
В соответствии со ст. 8 Федерального конституционного Закона от 25 декабря 2000 года "О государственном флаге Российской Федерации" государственный флаг РФ не может использоваться в качестве геральдической основы флагов субъектов РФ и в связи с этим, флаг Агинского Бурятского автономного округа должен быть оформлен по - новому.