Управление Программой осуществляет ее заказчик - администрация автономного округа (в лице уполномоченных подразделений).
Контроль и координацию работ по реализации Программы осуществляет Комитет по труду администрации округа и Департамент федеральной государственной службы занятости населения по Агинскому Бурятскому автономному округу.
Итоги выполнения Программы рассматриваются на заседаниях Коллегии администрации округа, окружной Межведомственной комиссии по содействию занятости населения.
Финансовый контроль включает поквартальную отчетность исполнителей программных мероприятий о реализации программы и рациональном использовании бюджетных средств и осуществляется комитетом по финансам и комитетом экономического развития администрации округа.