Реализация Программы осуществляется государственным заказчиком-координатором и государственными заказчиками, которые на конкурсной основе определяют исполнителей мероприятий Программы.
С целью организации работ по отдельным мероприятиям Программы, реализуемым совместно с федеральными органами государственной власти - заказчиками соответствующих федеральных целевых программ (в рамках софинансирования мероприятий Программы), заказчики, ответственные за конкретные мероприятия Программы, могут подписывать соглашения о сотрудничестве и взаимодействии.