За период с 1994 - 1999 годы произошло сокращение производства животноводческой продукции. Поголовье КРС снизилось на 26,5%, свиней на 18%, овец и коз на 72,7%. Ежегодный спад поголовья (в среднем) составлял по КРС - 3,8%, свиньям 2,6%, овцам 10,4%. Положительная динамика прироста поголовья крупного рогатого скота, за период с 1994 по 2000 гг. - 15%, наблюдается только в личных подсобных хозяйствах населения всех районов республики. За счет данного сектора фактически и удалось остановить в 2000 г. падение численности поголовья скота.
Нарушение баланса развития отрасли сельскохозяйственного производства, вызванного падением закупочных цен на сельскохозяйственную продукцию и ростом цен на промышленную продукцию и энергоносители, вызвало снижение удельного веса поголовья скота в коллективных сельскохозяйственных предприятиях: КРС с 49,6% в 1994 г. до 24,8% в 2000 г.; свиней с 33,9% - до 20%; овец с 81% - до 67,7%.
Снижение численности поголовья скота привело к уменьшению объемов производства продукции животноводства: по мясу на 26,6%, молоку - 13,7%, шерсти - 73,6%, яйцу - 63,8%. Наиболее резкий спад произошел по производству шерсти в связи с сокращением поголовья овец в 3,8 раза.
За последние годы темпы спада производства животноводческой продукции значительно снизились: по мясу с 8,4% в 1995 году до прироста на 1,3% в 2000 году, молоку - с 9% в 1995 году до 1,9% в 2000 году, по шерсти - с 35,6% в 1995 году до 4,4% в 2000 году, по яйцу - с 29,4% в 1995 году до 5,4% в 2000 году.
Наибольший надой в расчете на 1 фуражную корову отмечен в Северобайкальском районе - 2220 кг, Кабанском - 1753 кг., Прибайкальском - 1625 кг.
За период с 1994 - 2000 годы хозяйствами республики приобретено 1759 голов племенного молодняка КРС, 2709 овец, 200 голов лошадей и 1125 голов свиней. С 1994 по 1998 годы покупка племенного скота хозяйствами осуществлялась за счет собственных средств. В 1999 - 2000 гг. из республиканского бюджета на эти цели было выделено 2,9 млн. рублей.