Республиканское агентство лесного хозяйства обеспечивает взаимодействие всех исполнителей Программы в ходе ее реализации. Для обеспечения мониторинга и анализа хода реализации Программы Республиканское агентство лесного хозяйства ежегодно согласовывает с Министерством экономики Республики Бурятия и Министерством финансов Республики Бурятия уточненные показатели эффективности Программы на соответствующий год и ежегодно отчитывается о ходе их выполнения.
Республиканское агентство лесного хозяйства осуществляет контроль за ходом реализации Программы, обеспечивает координацию деятельности по подготовке и реализации программных мероприятий, целевому и эффективному использованию средств республиканского бюджета.
Республиканское агентство лесного хозяйства разрабатывает и представляет сводную бюджетную заявку на ассигнования из республиканского бюджета для финансирования мероприятий Программы на очередной финансовый год.
Кроме того, контроль за ходом реализации Программы может осуществляться путем проведения комплексных проверок с участием представителей государственного заказчика. При этом обращается внимание на выполнение сроков реализации программных мероприятий, целевое и эффективное использование средств, привлечение средств внебюджетных источников финансирования и бюджетов муниципальных образований в Республике Бурятия и на достижение результатов реализации Программы.