Основным фактором, оказывающим негативное влияние на развитие водохозяйственного комплекса Республики Бурятия, является недостаточное финансирование из всех уровней бюджета.
Ежегодные наводнения, наледные явления и водная эрозия на территории Бурятии приводят к значительным потерям экономического, социального и экологического характера, а также к непредвиденным материальным затратам.
Большинство наводнений на территории Бурятии наблюдаются во время прохождения летне-осенних паводков. Во время интенсивных и продолжительных дождей уровни воды в реках резко повышаются и, достигая критических отметок, вода выходит на пойму, затапливая населенные пункты, объекты жизнеобеспечения, обширные площади сельхозугодий, коммуникации и другие объекты экономики.
По предварительным данным в случае возникновения паводков обеспеченностью 1% затапливается территория площадью 1304,2 тыс. га, в зону затопления попадает 190 населенных пунктов. Так, наводнение 1991 г. принесло убытки на сумму 158 млн. рублей.
Интенсивному развитию негативных процессов, обусловленных прохождением паводков, способствует снижение пропускной способности русел рек вследствие заиления и засорения. Кроме того, недостаточность гидрологической и другой прогнозной информации не позволяет своевременно провести необходимые мероприятия по предотвращению негативных воздействий паводковых процессов.
Уязвимость малых рек и родников из-за размеров и неспособности противостоять влиянию разносторонней хозяйственной деятельности ведет к экологическим осложнениям, и поэтому защита их - одна из первоочередных мер, которая требуется для улучшения состояния окружающей среды.
Так, в Республике Бурятия требуются расчистка, углубление и регулирование русел рек на протяжении 300 км, в том числе 50 км на участках русел малых рек. Протяженность расчищенных, углубленных и зарегулированных участков русел рек нарастающим итогом с 2007 по 2011 год составила 111,72 км. Данные мероприятия осуществляются за счет средств федерального бюджета на обеспечение переданных полномочий в сфере водных отношений в соответствии со ст. 26 Водного кодекса РФ.
На территории республики в зонах негативного воздействия вод проживает 196,3 тыс. человек. За период с 2007 по 2011 год в результате проведения противопаводковых мероприятий защищено более 27 тыс. человек.
В республике построено около 422 км защитных дамб. В настоящее время многие из них разрушены и требуют проведения реконструкции и капитального ремонта. Для защиты населенных пунктов, попадающих в зону затопления, необходимо дополнительно построить около 700 км дамб обвалования.
За последние годы эксплуатации гидротехнических сооружений (далее - ГТС) на большинстве из них образовалось значительное количество дефектов и локальных повреждений. Проведенная инвентаризация ГТС и анализ современного технического состояния и уровня эксплуатации ГТС Республики Бурятия, прошедших инвентаризацию, позволяют сделать вывод об их неудовлетворительном состоянии, что является предпосылкой для возникновения чрезвычайных ситуаций на водных объектах и в населенных пунктах, расположенных в нижнем бьефе.
Для нормального функционирования, обеспечения потребности в водных ресурсах и безопасности объектов необходим капитальный ремонт около 60 аварийных ГТС. Срок службы 40% сооружений имеют более 40 лет (некоторые более 60 - 70 лет), 30% - более 30 лет. В последние 15 лет качество эксплуатации сооружений в связи с недостатком финансирования резко снизилось.