3.1. Бурприроднадзор возглавляет руководитель, назначаемый на должность Главой Республики Бурятия по согласованию с уполномоченным федеральным органом исполнительной власти.
Заместители руководителя назначаются на должность и освобождаются от должности решением Правительства Республики Бурятия.
3.2. Руководитель:
3.2.1. Осуществляет общее руководство деятельностью Бурприроднадзора на основе единоначалия и несет персональную ответственность за выполнение возложенных на Бурприроднадзор полномочий.
3.2.2. Утверждает положения о структурных подразделениях Бурприроднадзора, положения о координационных, совещательных и экспертных органах Бурприроднадзора, должностные регламенты государственных служащих и должностные инструкции иных работников Бурприроднадзора.
3.2.3. Утверждает штатное расписание, смету расходов на содержание аппарата Бурприроднадзора в установленных пределах численности работников, фонда оплаты труда и бюджетных ассигнований.
3.2.4. Назначает на должность и освобождает (отстраняет) от должности работников Бурприроднадзора.
3.2.5. Издает в пределах своей компетенции по оперативным и другим текущим вопросам организации деятельности Бурприроднадзора приказы и распоряжения ненормативного характера, дает указания и организует контроль их исполнения, выдает доверенности работникам Бурприроднадзора, подписывает от имени Бурприроднадзора договоры (в том числе трудовые), соглашения, государственные и служебные контракты, иные документы.
3.2.6. Решает в соответствии с действующим законодательством о государственной гражданской службе в пределах предоставленных полномочий, вопросы, связанные с прохождением государственной гражданской службы; представляет в установленном порядке работников Бурприроднадзора, иных лиц, осуществляющих деятельность в установленной сфере, к присвоению почетных званий и награждению государственными наградами Республики Бурятия.
3.2.7. В соответствии с действующим законодательством рассматривает дела об административных правонарушениях от имени Бурприроднадзора.
3.2.8. Организует работу внештатных инспекторов в установленной сфере деятельности.
3.2.9. Осуществляет иные полномочия в соответствии с федеральным и региональным законодательством.