Общее руководство и контроль за ходом реализации Программы осуществляет Комиссия по координации работ, связанных с выполнением Конвенции ООН "О правах ребенка" и Всемирной Декларации об обеспечении выживания, защиты и развития детей в Республике Бурятия.
Текущее управление осуществляет Министерство труда и социального развития Республики Бурятия как государственный заказчик программы.
Органы местного самоуправления районов и городов ежегодно представляют в Министерство труда и социального развития Республики Бурятия отчеты об исполненных работах, на основании которых Министерство труда и социального развития Республики Бурятия направляет в Правительство Республики Бурятия информацию о ходе реализации Программы и эффективности использования финансовых средств.