4.1. Агентство возглавляет руководитель, назначаемый на должность и освобождаемый от должности Президентом Республики Бурятия.
Руководитель имеет заместителя - начальника отдела, назначаемого на должность и освобождаемого от должности Правительством Республики Бурятия.
4.2. Руководитель Агентства:
4.2.1. Осуществляет руководство деятельностью Агентства на основе единоначалия и несет персональную ответственность за выполнение возложенных на Агентство полномочий.
4.2.2. Распределяет обязанности между заместителем - начальником отдела и руководителями структурных подразделений Агентства, а также утверждает положения о структурных подразделениях Агентства.
4.2.3. Назначает на должность и освобождает от должности работников Агентства.
4.2.4. Утверждает должностные регламенты государственных гражданских служащих Агентства.
4.2.5. Решает в соответствии с законодательством Российской Федерации и Республики Бурятия о государственной гражданской службе вопросы, связанные с прохождением государственной гражданской службы в Агентстве.
4.2.6. Утверждает штатное расписание Агентства в пределах установленных Правительством Республики Бурятия фонда оплаты труда и численности работников, смету расходов на содержание Агентства в пределах утвержденных на соответствующий год ассигнований, предусмотренных в республиканском бюджете.
4.2.7. В установленном порядке назначает на должность и освобождает от должности руководителей подведомственных учреждений и иных организаций, заключает, изменяет и расторгает с указанными руководителями трудовые договоры.
4.2.8. Представляет в установленном порядке работников Агентства и других лиц, осуществляющих деятельность в установленной сфере, к присвоению почетных званий и награждению государственными наградами Российской Федерации и Республики Бурятия.
4.2.9. В пределах своей компетенции издает приказы и распоряжения по вопросам, отнесенным к установленной сфере деятельности Агентства, а также по вопросам внутренней организации работы Агентства, организует и проверяет их исполнение.
4.2.10. Представляет Агентство в отношениях с другими органами государственной власти Республики Бурятия, учреждениями и организациями.
4.3. В Агентстве образуется коллегия, основной задачей которой является выработка решений по важнейшим вопросам развития физической культуры и спорта. В состав коллегии входят руководитель Агентства, его заместитель, руководители структурных подразделений Агентства и представители исполнительных органов государственной власти Республики Бурятия. В состав коллегии могут входить депутаты Народного Хурала Республики Бурятия, представители органов местного самоуправления в Республике Бурятия, руководители республиканских организаций, осуществляющих деятельность в сфере физической культуры и спорта, представители других организаций. Состав коллегии Агентства утверждается Правительством Республики Бурятия по представлению руководителя Агентства. Коллегию возглавляет руководитель Агентства.
По результатам обсуждения вопросов на коллегии принимаются решения, которые оформляются в виде протоколов, утверждаемых руководителем Агентства.
4.4. Агентство пользуется на праве оперативного управления закрепленным за ним движимым и недвижимым имуществом, находящимся в собственности Республики Бурятия.
4.5. Финансирование расходов на содержание Агентства осуществляется за счет средств, предусмотренных в республиканском бюджете на очередной финансовый год.
Финансирование программных мероприятий Агентства осуществляется за счет средств бюджетов соответствующих уровней, предусмотренных на реализацию данных программных мероприятий.