Управление Программой осуществляется Министерством, администрациями муниципальных образований.
Министерство в пределах полномочий, установленных постановлением Правительства Республики Бурятия, осуществляет координацию реализации мероприятий Программы, контроль за целевым и эффективным использованием бюджетных средств и привлеченных средств Фонда.
Органы местного самоуправления осуществляют контроль за выполнением мероприятий, включенных в муниципальные программы, организовывают работу межведомственных комиссий по отнесению жилых домов (помещений) к категории не пригодных для проживания, участвуют в выборе способов переселения, контролируют соблюдение сроков и очередности переселения из аварийного жилищного фонда.
Министерство обобщает, анализирует представленную органами местного самоуправления информацию и доводит ее до сведения Правительства Республики Бурятия. Министерство корректирует ожидаемые конечные результаты реализации Программы в разрезе каждого муниципального образования - участника Программы и нарастающим итогом - по республике в целом.