Управление Программой осуществляет Министерство сельского хозяйства и продовольствия Республики Бурятия, являющееся её государственным заказчиком-координатором.
Министерство сельского хозяйства и продовольствия Республики Бурятия несёт ответственность за реализацию Программы в целом, обеспечивает:
- согласованные действия по подготовке и реализации программных мероприятий;
- целевое и эффективное использование средств республиканского бюджета;
- составляет и в установленном порядке представляет бюджетную заявку на ассигнования из республиканского бюджета для финансирования Программы на очередной финансовый год;
- подготавливает информационные справки и аналитические доклады о ходе её реализации.