Министерство природных ресурсов Республики Бурятия (далее - Минприроды РБ) обеспечивает взаимодействие всех исполнителей Программы в ходе ее реализации. Для обеспечения мониторинга и анализа хода реализации Программы Минприроды РБ ежегодно согласовывает с Министерством экономики Республики Бурятия и Министерством финансов Республики Бурятия уточненные показатели эффективности Программы на соответствующий год и ежегодно отчитывается о ходе их выполнения.
Органы местного самоуправления в Республике Бурятия разрабатывают и утверждают муниципальные программы, осуществляют контроль за выполнением Программы на местном уровне.
Хозяйствующими субъектами в соответствии со статьей 34 Федерального закона от 10.01.2002 г. N 7-ФЗ "Об охране окружающей среды" при размещении, проектировании, строительстве, реконструкции, вводе в эксплуатацию, эксплуатации, консервации и ликвидации зданий, строений, сооружений и иных объектов, оказывающих прямое или косвенное негативное воздействие на окружающую среду, должны предусматриваться мероприятия по охране окружающей среды, восстановлению природной среды, рациональному использованию и воспроизводству природных ресурсов, обеспечению экологической безопасности. Хозяйствующие субъекты участвуют в реализации Программы на основании заключаемых соглашений.
Контроль за правильностью использования муниципальными образованиями субсидий осуществляет Минприроды РБ, Министерство финансов Республики Бурятия, Счетная палата Республики Бурятия.
Минприроды РБ осуществляет контроль за ходом реализации Программы, обеспечивает координацию деятельности по подготовке и реализации программных мероприятий, целевому и эффективному использованию средств республиканского бюджета, разрабатывает и представляет в установленном порядке сводную бюджетную заявку на ассигнования из республиканского бюджета для финансирования мероприятий Программы на очередной финансовый год.
Кроме того, контроль за ходом реализации Программы может осуществляться путем проведения комплексных проверок с участием представителей государственного заказчика. При этом обращается внимание на выполнение сроков реализации программных мероприятий, целевое и эффективное использование средств, привлечение средств внебюджетных источников финансирования и бюджетов муниципальных образований в Республике Бурятия и на достижение результатов реализации Программы.