Рыбохозяйственный фонд водоемов Республики Бурятия составляют: реки - 18300 км, озера - 2812,5 тыс. га. Основными рыбохозяйственными водоемами республики Бурятия являются: озеро Байкал с озерно-соровой системой, Гусино-Убукунская, Еравно-Харгинская и Ципо-Ципиканская (Баунтовская) системы озер, а также отдельные разрозненные озера, расположенные по всей территории республики.
Основой рыбного хозяйства республики является рыбохозяйственный фонд Байкала с его озерно-соровой системой. На озере Байкал выделяются 4 рыбопромысловых районов - Северобайкальский (62 тыс. га), Баргузинский (84 тыс. га), Прибайкальский (31 тыс. га), Селенгинский (145 тыс. га).
Рыбохозяйственный фонд прочих озер Бурятии составляет 112 тыс. га. Основным озерным системам соответствует три рыбопромысловых районов - Баунтовский (40 тыс. га), Еравнинский (40 тыс. га), Гусиноозерский (17,2 тыс. га).