Организационное обеспечение государственной системы лицензирования возлагается на государственный орган управления государственным фондом недр.
Государственный орган управления фондом недр осуществляет подготовительную работу, связанную с выдачей лицензий, согласовывает условия лицензии с представительными и исполнительными органами районов республики, с государственными органами управления промышленностью, земельными, водными и лесными ресурсами, охраны окружающей природной среды, горного надзора, а в части, касающейся платы, - с государственными органами управления экономикой.
Лицензия выдается совместно органами представительной и исполнительной власти Республики Бурятия в лице комиссий по лицензированию Верховного Совета и Совета Министров.
Положение о порядке лицензирования пользования недрами утверждается Верховным Советом Республики Бурятия или его Президиумом.