С учетом сложности, комплексности и масштабности реализации задач, связанных с созданием РМИС, предлагается многоуровневая система управления процессом ее создания, включающая в себя уровни стратегического управления, заказчика (пользователя), исполнителя.
Министерство здравоохранения Республики Бурятия обеспечивает управление созданием РМИС, в том числе разрабатывает и (или) принимает в пределах своих полномочий необходимые нормативные правовые акты, формирует требования к созданию и развитию РМИС, координирует формирование требований к системе других органов исполнительной власти, а также обеспечивает разработку, координацию и мониторинг исполнения плана мероприятий по созданию и развитию РМИС и является ее оператором. Функции проектного управления и организационно-методического сопровождения работ по созданию, развитию и сопровождению РМИС осуществляются государственным учреждением здравоохранения "Республиканский медицинский информационно-аналитический центр".