В основу построения организационной структуры государственного управления и совершенствования хозяйственно - экономического самоуправления в агропромышленном комплексе закладываются следующие основные принципы:
- укрепление связи Правительства Республики Бурятия и местного самоуправления районов в области стабилизации и развития реформ в агропромышленном комплексе;
- повышение роли и ответственности Министерства сельского хозяйства и продовольствия Республики Бурятия в системе республиканских органов исполнительной власти за осуществление аграрной реформы и эффективное функционирование агропромышленного комплекса;
- упорядочение механизма управления государственным сектором агропромышленного комплекса;
- усиление роли органов хозяйственного и местного (сельского) самоуправления и их взаимодействия с органами государственного управления агропромышленным комплексом;
- обеспечение организации эффективной деятельности государственных контрольно - инспекционных служб.
Исходя из названных целей и принципов, совершенствование системы управления в агропромышленном комплексе предусматривается осуществить по следующим основным направлениям.
Министерство сельского хозяйства и продовольствия Республики Бурятия является головным органом в управлении агропромышленным комплексом и продовольственном обеспечении, включая мелиорацию земель, которое осуществляет государственное регулирование агропромышленного комплекса, обеспечивает единство системы органов государственного управления агропромышленным комплексом, осуществляет взаимодействие и координацию их деятельности. Функциональные обязанности, структура, численный состав Минсельхозпрода определяются Правительством Республики Бурятия.
Для проведения аграрной политики, осуществления контроля за реализацией федеральных, республиканских программ, исполнением федеральных и республиканских законов, других нормативных актов в области агропромышленного комплекса, целевым использованием выделяемых бюджетных средств, координации работы по управлению и распоряжению подведомственными предприятиями, организациями и имуществом, закрепленными в республиканской собственности, вводится институт республиканских структур Министерства сельского хозяйства и продовольствия Республики Бурятия в районах республики.
Утрата управления агропромышленным комплексом как единым народнохозяйственным объектом привела к тому, что АПК как интегрированная система сельского, лесного, рыбного и водного хозяйства, пищевой промышленности, материально - технического обеспечения и агросервисного обслуживания потерял свою целостность. Произошел разрыв интересов отдельных отраслей, возрос уровень монополизации. Министерство сельского хозяйства и продовольствия Республики Бурятия все больше и больше теряет макроэкономические функции, которые сосредотачиваются в Госкомимуществе, Минэкономики, Минфине и других ведомствах, хотя они не несут прямой ответственности за решение продовольственной проблемы. Однако именно они определяют политику в области собственности, государственной финансово - кредитной и ресурсной поддержки АПК, регулирования доходов.
Необходимо создать надлежащую законодательную базу для наделения Минсельхозпрода Бурятии элементарными управленческими функциями. Нужно принять соответствующие документы о подчиненности местных сельхозорганов Минсельхозпроду Бурятии. Мера вынужденная, но без этого в период кризиса восстановить управляемость отраслью невозможно.