Государственным заказчиком определяется основное содержание направлений подпрограммы 4. В ходе реализации подпрограммных мероприятий руководитель подпрограммы 4 обеспечивает координацию деятельности исполнителей, предпринимает в установленном порядке меры по полному и качественному выполнению мероприятий, несет ответственность за своевременное выполнение мероприятий подпрограммы 4.
Обязательным элементом механизма реализации подпрограммы 4 является ее мониторинг, осуществляемый на основе сбора и анализа представляемой органами управления АПК районов отчетности о ходе работ и расходовании средств.
Контроль за реализацией подпрограммы 4 осуществляет руководитель подпрограммы "Энергоэффективность в сельском хозяйстве".
Оперативное руководство реализацией мероприятий подпрограммы 4 осуществляется руководителем и ответственным исполнителем подпрограммы "Энергоэффективность в сельском хозяйстве".