Решение задач ускорения технической и технологической модернизации, а также перехода на инновационный путь развития будет проходить в условиях воздействия на АПК ряда внешних и внутренних рисков и вызовов. Основными рисками в части инновационного развития АПК являются:
рост цен на энергоресурсы и материально-технические средства, потребляемые в сельском хозяйстве, что ограничивает возможности значительной части сельскохозяйственных товаропроизводителей осуществлять инновационные проекты, переход к новым ресурсосберегающим технологиям и на этой основе обеспечивать реализацию модели ускоренного экономического развития;
слабая материально-техническая база и низкие темпы обновления основных производственных фондов, что отрицательно сказывается на своевременном выполнении основных технологических процессов в сельском хозяйстве, переработке сырья и качестве выпускаемой продукции, не позволяет в полной мере обеспечить на внутреннем рынке импортозамещение;
недостаточное информационное обеспечение в части использования современных высокопроизводительной техники и технологий сельского хозяйства и сельских территорий;
снижение темпов инновационного развития АПК;
снижение эффективности агропромышленного производства вследствие отсутствия внедрения достижений биотехнологий и увеличение импортозависимости.