К основным рискам реализации подпрограммы относятся следующие:
природно-климатические риски, обусловленные тем, что колебания погодных условий оказывают серьезное влияние на урожайность сельскохозяйственных культур и объемы их производства, что может значительно повлиять на степень достижения прогнозируемых показателей. Зависимость функционирования растениеводства от природно-климатических условий также снижает ее инвестиционную привлекательность. Для снижения рисков от природно-климатических условий необходимы переход к новым технологиям, техническая модернизация, мелиорация земель в засушливых зонах и принятие дополнительных мер поддержки в особо неблагоприятные по природно-климатическим условиям годы;
макроэкономические риски, обусловленные неблагоприятной конъюнктурой мировых цен на отдельные товары российского экспорта и снижением возможности достижения целей по развитию подотрасли растениеводства, а также снижением темпов роста экономики и уровня инвестиционной активности, которые не позволят интенсифицировать развитие растениеводства и переработки, усилят зависимость их развития от государственных инвестиций. В результате негативных макроэкономических процессов может снизиться спрос на продукцию растениеводства и продуктов их переработки, в том числе за счет сокращения реальных доходов населения. Снижение негативного влияния указанных рисков должно обеспечиваться через развитие биржевой торговли, которая обеспечивает возможности для хеджирования ценовых рисков, стимулирование потребления отдельных видов продукции растениеводства на внутреннем рынке, диверсификацию структуры внутреннего производства продукции в части товарной номенклатуры и географии производства, расширение рынков сбыта с увеличением экспортной ориентации, применение мер государственного регулирования рынка;
международные торгово-политические риски, обусловленные функционированием аграрного сектора в координации с ситуацией на международных рынках и деятельностью экспортеров отдельных видов продукции растениеводства и перерабатывающих предприятий, существенным возрастанием конкуренции в результате вступления России в ВТО. Минимизация указанных рисков должна включать организационно-политическую поддержку экспорта собственной продукции через участие в международных организациях, осуществление выставочной деятельности, совершенствование требований к безопасности и качеству продукции.