К рискам реализации подпрограммы, которыми могут управлять ответственный исполнитель и соисполнители подпрограммы, уменьшая вероятность их возникновения, следует отнести следующие:
организационные риски, которые связаны с возникновением проблем в реализации подпрограммы в результате недостаточной квалификации и (или) недобросовестности ответственных исполнителей (соисполнителей) подпрограммы, что может привести к нецелевому и неэффективному использованию бюджетных средств, невыполнению ряда мероприятий подпрограммы. Снижению указанных рисков будут способствовать повышение квалификации и ответственности персонала ответственного исполнителя и соисполнителей подпрограммы для своевременной и эффективной реализации предусмотренных мероприятий, координация деятельности персонала ответственного исполнителя и соисполнителей подпрограммы и налаживание административных процедур для снижения организационных рисков;
финансовые риски, которые связаны с финансированием подпрограммы в неполном объеме. Данные риски могут возникнуть по причине значительной продолжительности подпрограммы. Их снижению будут способствовать внедрение в практику программного бюджетирования и своевременная корректировка объемов финансирования основных мероприятий подпрограммы.
Реализации подпрограммы также угрожают непредвиденные риски, которыми сложно или невозможно управлять в рамках реализации подпрограммы, в частности риск ухудшения состояния экономики, что может привести к снижению бюджетных доходов, ухудшению динамики основных макроэкономических показателей, в том числе повышению инфляции, снижению темпов экономического роста и доходов населения.