Механизм реализации Программы представляет собой скоординированные по срокам и направлениям действия исполнителей с учетом меняющихся социально-экономических условий. В зависимости от изменения задач на разной стадии исполнения отдельные мероприятия Программы могут быть изменены на другие, более полно отвечающие задачам конкретного периода. Для выполнения мероприятий Программы предусматривается использование средств республиканского бюджета Чувашской Республики, бюджетов районов и городов, Территориального фонда обязательного медицинского страхования Чувашской Республики, других внебюджетных источников деятельности управления спонсорской и гуманитарной помощи, личных средств граждан. Направление средств государственной поддержки для выполнения целей и задач Программы предусматривается производить в соответствии с требованиями нормативных правовых актов Российской Федерации и Чувашской Республики в области закупок для государственных нужд.
Управление реализацией Программы осуществляет государственный заказчик - Министерство здравоохранения Чувашской Республики, контролирующий выполнение намеченных мероприятий и целевое использование выделенных ассигнований. Государственный заказчик также обеспечивает организационное руководство реализацией Программы и координацию деятельности основных исполнителей.
Государственный заказчик Программы ежегодно формирует бюджетную заявку на ассигнования из республиканского бюджета Чувашской Республики на реализацию Программы и в установленном порядке представляет ее в Министерство экономики Чувашской Республики и Министерство финансов Чувашской Республики,
Государственный заказчик - Министерство здравоохранения Чувашской Республики - к 1 апреля ежегодно до 2005 года информирует Кабинет Министров Чувашской Республики о ходе выполнения Программы.