Несмотря на значительную работу по обеспечению доступности качественного школьного образования, существует ряд проблем, требующих решения в ближайшей и стратегической перспективе.
Так, до сегодняшнего дня в качестве основного образовательного результата школы на технологическом уровне остаются знания, умения и навыки учащихся. Школьники, имея хорошие предметные знания, не могут осмысленно и эффективно применять их в нестандартной учебной и жизненной ситуации. Школа крайне медленно переходит к образованию, ориентированному на компетентностный подход.
В системе школьного образования недостаточно развиты инновационные формы получения образования (экстернат, семейное образование, самообразование, дистанционное обучение и др.). Не в полной мере используется потенциал школ, они не являются круглогодичными образовательно-информационными центрами для всего населения.
Недостаточно активно внедряются инновационные индивидуальные программы психолого-педагогического сопровождения каждого школьника, особенно по развитию одаренных детей и детей с ограниченными возможностями здоровья.
Все еще не создана целостная система интегрированного (инклюзивного) школьного образования, консультационного и информационного сопровождения родителей. Значительная часть детей с ограниченными возможностями здоровья, особенно проживающих в сельской местности, остается пока не охваченной инновационными моделями обучения и воспитания. Необходимо внедрить стандарты специального образования для каждой категории детей с ограниченными возможностями здоровья.
Для организации повышения качества образовательных услуг, внедрения модели непрерывного образования и повышения квалификации для всего социума вне зависимости от места проживания неэффективно используются информационные и коммуникационные технологии.
Не создано эффективное взаимодействие органов управления, институтов гражданского общества по профилактике социального сиротства, формированию современной системы профессионального сопровождения приемных семей.
Недостаточно развиты самоуправляющиеся ассоциации участников образовательной деятельности (профессиональные ассоциации педагогов, органы ученического и родительского самоуправления всех уровней), общественные органы управления образованием, в которых представлены все слои населения.
Малоэффективна работа по повышению престижа и социальной значимости изучения чувашского языка, недостаточно исследовано влияние родного языка на формирование толерантной личности и сохранение исторического наследия.