Управление Программой осуществляется на двух уровнях:
методологическом - путем принятия стандартов Программы, пакетов законодательных и других нормативно - правовых актов;
организационном - путем учреждения ИКЧР, жилищных субсидиарных фондов (на первом этапе) и ИАЧР (на третьем этапе).
ИКЧР выполняет роль оператора Программы, методологической основой деятельности которого являются стандарты системы ИЖК, утверждаемые Кабинетом Министров Чувашской Республики и согласованные с уполномоченной федеральной структурой (Госстроем РФ) (для обеспечения единства формируемой общероссийской системы ИЖК). ИКЧР проводит конкурсный отбор субъектов ипотечного рынка и контроль за их деятельностью на основе соответствующих договоров. Руководство ИКЧР Кабинет Министров Чувашской Республики осуществляет через собрание акционеров и наблюдательный совет корпорации, члены которых утверждаются постановлением Кабинета Министров Чувашской Республики.
Совместная деятельность Кабинета Министров Чувашской Республики, ИКЧР, отобранных на основе конкурса банка и страховой компании по реализации пилотного ипотечного проекта, будет основываться на генеральном соглашении между упомянутыми участниками Программы.
Отобранная по конкурсу организация - девелопер осуществляет управление инвестиционно-строительным процессом в качестве заказчика - застройщика в период реализации пилотного ипотечного проекта.
Контроль за функционированием Программы, а также целевым и эффективным использованием бюджетных и внебюджетных средств осуществляется со стороны Кабинета Министров Чувашской Республики путем периодического заслушивания отчета членов наблюдательного совета ИКЧР и ежегодным аудитом.
По мере формирования первичного рынка ипотечных кредитов и создания условий для функционирования механизма рефинансирования начнет работать ИАЧР. Контроль за деятельностью агентства Кабинет Министров Чувашской Республики будет осуществлять через своих утвержденных представителей в его собрании акционеров и наблюдательном совете.