Финансирование подпрограммы за счет федерального бюджета осуществляется на основе соглашения, заключаемого Кабинетом Министров Чувашской Республики с Министерством экономического развития и торговли Российской Федерации (далее - Минэкономразвития России).
Консультационные услуги оказываются консультантами из Центра проблем государственного управления Государственного университета - Высшей школы экономики, а также специалистами филиала Волго-Вятской академии государственной службы в г.Чебоксары.
Реализация подпрограммы предусматривает тесное взаимодействие и сотрудничество различных ветвей и уровней власти, в том числе - в рамках рабочей группы, созданной совместным решением Минэкономразвития России и Кабинета Министров Чувашской Республики, включающей по согласованию представителей Минэкономразвития России, Государственного университета - Высшей школы экономики, Администрации Президента Чувашской Республики, Министерства экономического развития и торговли Чувашской Республики (далее - Минэкономразвития Чувашии), Министерства промышленности, транспорта и связи Чувашской Республики, Министерства финансов Чувашской Республики, Министерства юстиции Чувашской Республики. Ежеквартально Минэкономразвития Чувашии совместно с Министерством финансов Чувашской Республики представляет в Минэкономразвития России отчет о софинансировании подпрограммы.
Координатором проведения эксперимента в республике является Минэкономразвития Чувашии. Сбор и обработку информации, а также данных, необходимых для реализации подпрограммы, осуществляет Региональная группа поддержки эксперимента, помещение которой предоставляется Кабинетом Министров Чувашской Республики. Исполнители мероприятий подпрограммы ежегодно до 1 февраля, начиная с 2004 года, представляют в Минэкономразвития Чувашии информацию об их исполнении.
Контроль за ходом выполнения подпрограммы осуществляет Минэкономразвития Чувашии с ежегодным информированием Кабинета Министров Чувашской Республики и Минэкономразвития России к 1 марта до 2006 года.