Основными полномочиями республиканского государственного органа по охране, контролю и регулированию использования водных биоресурсов являются:
а) ведение кадастра и мониторинг водных объектов;
б) прогнозирование состояния водных биоресурсов и определение оптимально допустимых уловов;
в) выдача, приостановление действия и аннулирование долгосрочных, именных разовых лицензий на вылов водных биоресурсов и лицензирование рыбохозяйственной деятельности в установленном порядке;
г) определение рыбохозяйственных водных объектов и рыбо - промысловых участков, предоставление их в пользование;
д) разработка нормативных правовых актов по охране, контролю и регулированию использования водных биоресурсов и среды их обитания;
е) охрана водных биоресурсов и контроль за их использованием;
ж) организация работ по искусственному воспроизводству, акклиматизации водных биоресурсов, рыбохозяйственной мелиорации водных объектов и контроль за проведением этих работ гражданами и юридическими лицами;
з) осуществление государственного контроля за соблюдением законодательства о рыболовстве и охране водных биоресурсов;
и) организация и проведение рыбохозяйственной экспертизы;
к) ограничение или приостановление деятельности хозяйственных или иных объектов, а также различного вида работ, если эта деятельность наносит вред водным биоресурсам и среде их обитания и (или) осуществляется с нарушением законодательства о рыболовстве и охране водных биоресурсов и иных нормативных правовых актов;
л) внесение предложений по определению статуса и категорий рыбохозяйственных водных объектов;
м) осуществление иных полномочий, предусмотренных законодательством Республики Саха (Якутия) и Российской Федерации.