Основными направлениями деятельности республиканского специально уполномоченного государственного органа в области мелиорации земель являются:
а) участие в разработке и реализация федеральных и республиканских программ в области мелиорации земель; организация финансирования мелиорации земель;
б) организация эксплуатации государственных мелиоративных систем и отнесенных к государственной собственности отдельно расположенных гидротехнических сооружений;
в) распределение в установленном порядке водных ресурсов, забираемых из водных объектов;
г) паспортизация мелиоративных систем и отдельно расположенных гидротехнических сооружений;
д) организация учета и проведение мониторинга мелиорированных земель совместно со специально уполномоченными на это государственными органами;
е) участие в организации и разработке федеральных и организация разработки республиканских стандартов, норм и правил в области мелиорации земель;
ж) участие в организации и финансировании научно - исследовательских и опытно-конструкторских разработок в области мелиорации земель;
з) проведение государственной экспертизы проектов мелиоративных систем и отдельно расположенных гидротехнических сооружений, их утверждение;
и) контроль за состоянием мелиорированных земель и исполнением законодательства о мелиорации земель;
к) иные направления деятельности, определенные законодательством Республики Саха (Якутия).