Современный этап развития разведения рыб и товарного рыбоводства в Якутии начался с вводом в эксплуатацию Вилюйского рыбоводного завода. Завод был построен под плотиной Вилюйской ГЭС в целях компенсации ущерба, наносимого рыбным запасам реки Вилюй производственной деятельностью алмазо- и золотодобывающей промышленности и энергетики.
Современные производственные мощности рыбзавода позволяют производить 30 млн. штук личинок. За период работы завода отработана технология сбора икры, ее перевозки, инкубации и товарного выращивания сиговых в водоемах различной кормности; успешно осуществлялось экспериментальное товарное выращивание сиговых в разнотипных озерах Центральной Якутии; отработана технология выращивания посадочного материала в питомных озерах с последующим выпуском в нагульные. Экспериментальное выращивание сиговых рыб показало перспективность этого направления, что подтверждается и научными исследованиями.
С 2008 года ведется масштабная реконструкция предприятия за счет компенсационных средств и внебюджетных источников. По окончании реконструкции предприятие выходит на проектную мощность по закладке икры сиговых пород в количестве 100,0 млн. штук и подращиванию молоди до 12,0 млн. штук. Изначально рыбзавод был ориентирован на воспроизводство ценных сиговых видов рыб, таких, как нельма, муксун, чир. В силу различных причин деятельность рыбоводного завода сводится к тому, что производится инкубация заготовленной икры ряпушки и в гораздо меньших объемах пеляди, после которой рыбопосадочный материал без подращивания выпускается в ближайший водоем - Вилюйское водохранилище. Выпуск личинок только в один водный объект является неэффективным, так как промышленный вылов рыбы увеличился только на Вилюйском водохранилище.
Одним из самых важных промысловых видов в озерах Якутии является пелядь и в силу своего высокого темпа роста и высокой степени лабильности к условиям выращивания она служит ценным объектом рыборазведения. С 1971 года она инкубируется на Чернышевском рыбоводном заводе и используется для зарыбления Вилюйского водохранилища и озер центральной части Якутии. При этом львиная доля рыбоводной продукции приходилась на зарыбление Вилюйского водохранилища и лишь частично (1973 - 2004 г.г.) на озера центральной части Якутии (от 2 до 5%), в связи с чем рассчитывать на повышение рыбопродуктивности озер не приходилось. Тем не менее, на озерах были получены первые биологические и хозяйственные результаты, показавшие потенциальные перспективы выращивания товарной рыбы. При этом рыбопродуктивность озер составила от 11,5 до 47,2 кг/га и промвозврат от 9,8 до 10,15%.
Учитывая, что финансирование из бюджета Республики Саха (Якутия) недостаточно и направлено исключительно на поддержание жизнеспособности Чернышевского рыбоводного завода, решение проблем восстановления численности естественных популяций рыб, восполнения запасов гидробионтов в водоемах, которым нанесен ущерб вследствие строительства, не представляется возможным в приемлемые сроки. Без серьезной, многоплановой государственной поддержки аквакультура, особенно учитывая сложные климатические условия, будет оставаться в рамках интересов энтузиастов.