Общий рыбохозяйственный фонд Якутии включает шельф морей Лаптевых и Восточно-Сибирского; 9 тыс. рек общей протяженностью 28,1 тыс. км; 145,5 тыс. озер площадью 43,5 тыс. кв. км и Вилюйское водохранилище площадью 2170 кв. км. Количество рыбопромысловых участков составляет 1700, в том числе: речных - 651 участок, озерных - 1048 участков.
Ихтиофауна морей, рек и озер Якутии представлена 100 видами рыб, относящимися к 3 классам, 15 отрядам, 29 семействам и 59 родам. Морские рыбы представлены 55 видами, морской рыболовный промысел в Якутии не ведется.
Наиболее мощным фактором антропогенного воздействия на численность рыб во второй половине прошлого века являлся чрезмерный (промышленный, любительский и браконьерский) вылов, т.е. перелов рыбы. Нелимитируемая добыча продолжалась до 1995 г., с которого ввели региональное ограничение на вылов сиговых рыб и осетра. Только с 2003 г. введены федеральные объемы общих допустимых уловов (ОДУ) водных биологических ресурсов на промысловые виды рыб. К этому времени запасы основных промысловых рыб были основательно подорваны.
Наиболее сложная ситуация сложилась с научным обеспечением рыбной отрасли республики. До начала перестроечного периода в конце 80-х годов изучением водных биоресурсов республики занимались до 60 высококвалифицированных ихтиологов и гидробиологов. В настоящее время мониторингом рыбохозяйственных водоемов занимается лишь одна лаборатория водных экосистем в составе 6 ихтиологов и 3 гидробиологов. Силами лаборатории проводится обоснование объемов ОДУ в водоемах Якутии. Разработка прогнозов ОДУ рыбы осуществляется на основе биологического состояния популяций, данных интенсивности промысла и промысловой статистики. Инструментальные методы определения промысловой численности рыб, такие как траловые и акустические съемки в условиях Якутии не применяются в связи с отсутствием специализированных судов. Сложившаяся ситуация приводит к тому, что качество научных обоснований объемов ОДУ в Якутии намного ниже аналогичных работ центральных регионов России.
Другие направления рыбохозяйственной науки, такие как развитие аквакультуры, рекреационного и туристического рыболовства, рыбоводно-биологические обоснования (РБО) находятся в Республике Саха (Якутия) в зачаточном состоянии. Также в последнее время не проводятся научно обоснованные работы по определению промысловых мер на рыбу, сроков запрета на лов рыбы и запретных для лова участков и т.д., такие исследования проводились в Якутии 20 лет назад, и с биологической точки зрения этот факт не может способствовать рациональному использованию рыбных запасов.
Вылов всех видов рыбы в водоемах Якутии достигал наибольшего объема в 40-х годах прошлого века. В последующие годы произошел спад и затем стабилизация вылова на уровне 8 тыс. т. Незначительное увеличение объема добываемой рыбы наметилось в 1985 г., после которого наблюдается неуклонное снижение количества вылова рыбы во всех водоемах республики.
Несмотря на снижение объемов валового товарного вылова рыбы, улучшение состояния рыбных запасов в водоемах Якутии не наблюдается. Объемы общих допустимых уловов (ОДУ) водных биоресурсов для водоемов Якутии в последние годы составляют 7,5 - 8,9 тыс. т, но ежегодно не выполняются по всем речным системам в связи с реальным уменьшением рыбных запасов.
Ежегодный объем вылова рыбы любителями и коренными малочисленными народами Севера составляет 2,5 тыс. т, а по экспертным оценкам не только сопоставим по объему с промышленной добычей, но и превышает ее. Экономическая и экологическая значимость любительского рыболовства возросла настолько, что она сегодня требует выделения его как одной из контролируемых отраслей рыбного хозяйства. При организации любительского рыболовства необходимо учитывать его одностороннее влияние на динамику численности рыб в водоеме и регулировать вылов объемами ОДУ, в том числе и для переориентации промысла на менее используемые виды рыб.
Более 89% промыслового улова сконцентрировано в арктических улусах в силу их приуроченности к низовьям рек. Основную часть - 82% этого улова составляют сиговые виды рыб, совершающие ежегодные нерестовые миграции вверх по течению в летне-осеннее время и в зимний период вниз по течению, в дельтовые зоны. Таким образом, весь промысел носит сезонный характер и привязан к срокам нереста рыбы. На 2011 год выделено 4 631,8 т квот промыслового вылова рыбы, что составляет 79,5% к уровню 2010 года, из них на арктические улусы приходится 4 157,1 т. Вылов осуществляется рыболовецкими кооперативами, объединившими большую часть мелких хозяйств. Кооперативы осуществляют техническое перевооружение, посредством компенсации части затрат на строительство и закуп оборудования, ведется строительство ледников. С целью повышения рентабельности также производится компенсация части затрат на вывоз из труднодоступных рыбопромысловых участков до улусных центров и далее до г. Якутска.
Анализ многолетней динамики вылова рыбы свидетельствует, что объем вылова сегодня находится на верхней лимитирующей отметке. Таким образом, в ближайшей перспективе, используя базовый подход рыбохозяйственного использования, объем общего улова не может превысить 5 тысяч т, промысловый улов при этом будет колебаться в пределах 3,5 - 4 тыс. т. Более того, ряд показателей говорит об усложнении ситуации по состоянию промысловых запасов в некоторых водоемах республики.
Динамика вылова и объемов квотирования последних 6 лет отражает, что вне зависимости от размера выделяемой квоты ее фактическое освоение составляет в среднем 72%. Определение допустимых объемов улова, которое проводится на 2 предстоящих года, является недостаточно точным показателем, основанным в большой степени на анализе данных многолетней динамики уловов. Потому можно исключить фактор точности прогнозирования и, как результат, фактического вылова. В этом случае показательным является то, что ряд хозяйств показывают освоение квоты, близкое к 100% (Усть-Янский район), ряд - близкое к 80% (Булунский район) и остальные - 60% и менее.
В республике действуют 324 хозяйства, осуществляющие промышленный вылов с общей промквотой в 2011 г. - 4 631 т. Из указанных хозяйств 54 хозяйства с общей промквотой в 2011 г. - 3 270 т (71%) объединены в 7 кооперативов.
Таким образом, рыбная отрасль представлена в основном маломощными предприятиями (97%), не имеющими достаточной материально-технической базы. Промышленный вылов носит сезонный характер и подразделяется на летнюю и зимнюю путину. Из общего объема вылова летний вылов составляет 45%, зимний 55%. Летнюю путину организуют рыбодобывающие хозяйства, имеющие ледники или при наличии рефрижераторов в местах вылова (р. Лена). В ледниках замораживается 72% от всего объема летней рыбы, небольшой объем брикетируется (ряпушка на р. Яна).
Сезонность лова как специфический фактор отрасли обязывает приобретать ГСМ в начале путины, при этом затраты составляют в настоящее время 31,6% всех расходов и имеют тенденцию к росту. Отраслевая норма обеспеченности собственными оборотными активами составляет не менее 10%, в силу высоких цен на горюче-смазочные материалы - не менее 30%.