Текущее управление и контроль за реализацией Программы осуществляет государственный заказчик в лице Министерства сельского хозяйства и заготовок Республики Саха (Якутия), финансовый контроль выполнения этапов осуществляет Министерство финансов Республики Саха (Якутия) и его контролирующие структуры.
Ежеквартально на заседаниях коллегии совместно с исполнителями Программы решаются вопросы о ходе реализации Программы и эффективности использования финансовых средств.
Исполнители отчитываются об использовании выделенных им средств и о выполнении Программных мероприятий.
Министерство сельского хозяйства и заготовок Республики Саха (Якутия), в свою очередь, в установленном порядке представляет отчет об эффективности целевого использования финансовых средств и о ходе реализации Программы в Министерство экономики и прогнозирования и Министерство финансов Республики Саха (Якутия).