Организация управления Программой возлагается на Министерство охраны природы Республики Саха (Якутия), которое совместно с другими заказчиками по отдельным направлениям работ и объектам организует, а Министерство экономики и прогнозирования Республики Саха (Якутия), Министерство финансов Республики Саха (Якутия) финансируют данную Программу согласно утвержденному республиканскому Инвестиционному бюджету.
Государственным заказчиком-координатором Программы выступает Министерство охраны природы Республики Саха (Якутия).
Государственными заказчиками Программы являются Министерство охраны природы Республики Саха (Якутия), Министерство жилищно-коммунального хозяйства Республики Саха (Якутия), Министерство сельского хозяйства к заготовок Республики Саха (Якутия), Госкомитет Республики Саха (Якутия) по геологии и недропользованию, Комитет Республики Саха (Якутия) по санитарно-эпидемиологическому надзору, ОАО РПИИ "Якутпроект", администрации улусов. Для решения оперативных задач по реализации данной Программы создается из представителей заказчиков Координационный совет.