Механизм реализации Программы предусматривает широкий спектр экономических, организационных и нормативно-правовых мер.
На реализацию программных мероприятий по строительству и реконструкции централизованных систем водоснабжения в городских и сельских населенных пунктах республики наряду с финансирования в объеме 9% от Правительства РФ направляются и собственные средства (прибыль, амортизация) предприятий по водоснабжению и канализации, а также специальные отчисления от прибылей предприятий промышленности и сельского хозяйства. Финансирование объектов федерального значения будет осуществляться частично из средств федерального бюджета целевым назначением через Министерство охраны природы Республики Саха (Якутия), Министерство строительства и архитектуры Республики Саха (Якутия), Министерство жилищно - коммунального хозяйства Республики Саха (Якутия) и Министерство сельского хозяйства и заготовок Республики Саха (Якутия). Для консолидации средств по всем источникам финансирования и повышения эффективности их использования необходимо создать специальный фонд реализации Республиканской целевой программы обеспечения населения Якутии питьевой водой и его исполнительный орган - дирекцию Программы. Одним из эффективных источников финансирования является привлечение средств, поступающих от платежей за пользование водными объектами, за загрязнение окружающей среды и от платежей за использование минерально-сырьевой базы (пресные, подземные и минеральные воды). Финансирование мероприятий местного (улусного) значения осуществляется администрациями улусов.
Для обеспечения финансирования Программы на правительственном уровне необходимо принять решение об усилении дифференциации ставки платежей за пользование поверхностными и подземными водами, а также за загрязнение окружающей среды и нормативах их распределения между бюджетами всех уровней.
Предусматривается финансирование реализации Программы через целевой бюджетный фонд восстановления и охраны водных объектов в Республике Саха (Якутия), а также привлечение иностранных инвесторов и средства других источников.
Реализация Программы осуществляется на основе контракта, договоров, заключаемых Министерством охраны природы Республики Саха (Якутия) и Управлением водного фонда Министерства охраны природы Республики Саха (Якутия) с исполнителями программных мероприятий.
Министерство охраны природы Республики Саха (Якутия) обеспечивает в ходе реализации Программы координацию деятельности основных исполнителей, контролирует целенаправленное и эффективное использование ассигнований и выполнение намеченных мероприятий Программы и ежегодно представляет ее в Министерство финансов Республики Саха (Якутия) и Министерство экономики и прогнозирования Республики Саха (Якутия) для учета при формировании проектов годового республиканского и инвестиционного бюджетов.
Вместе с тем для исполнителей программных мероприятий необходимо предусматривать льготы по налогу на прибыль (доход), льготные условия кредитования и целевые прямые дотации из республиканского бюджета. Поэтому в отдельные статьи Закона о налоговой политике требуется ввести дополнения и уточнения.
Для исполнителей программных мероприятий Правительством Республики Саха (Якутия) предусматриваются льготы по налогу на прибыль (доход), льготные условия кредитования и целевые прямые дотации из республиканского бюджета.
Дирекция Фонда Программы обеспечения населения Якутии питьевой водой ежеквартально отчитывается на заседании Координационного совета реализации Программы о ходе реализации Программы и эффективности использования финансовых средств.