Контроль за ходом исполнения Программы осуществляет Правительство Республики Саха (Якутия) и Управление Федеральной антимонопольной службы России по Республике Саха (Якутия). В ходе реализации Программы Министерство экономического развития Республики Саха (Якутия) обеспечивает координацию деятельности Исполнителей Программы.
Министерства и ведомства Республики Саха (Якутия) ежегодно до 1 апреля года, следующего за отчетным, формируют отчеты о выполнении программных мероприятий.
Министерство экономического развития Республики Саха (Якутия) в срок до 31 мая года, следующего за отчетным, направляет в Правительство Республики Саха (Якутия) и Министерство экономического развития РФ ежегодный комплексный доклад "Развитие конкуренции на приоритетных рынках Республики Саха (Якутия)".