Управление реализацией Программы осуществляется Министерством материальных ресурсов, торговли, транспорта и связи Республики Саха (Якутия).
Ежеквартально на заседаниях коллегии совместно с исполнителями Программы решаются вопросы о ходе реализации Программы и эффективности использования финансовых средств.
Министерство материальных ресурсов, торговли, транспорта и связи Республики Саха (Якутия), в свою очередь, в установленном порядке представляет отчет об эффективности целевого использования финансовых средств и о ходе реализации Программы в Министерство экономики и Министерство финансов Республики Саха (Якутия).