Режим охранной зоны призван способствовать выполнению задач, возложенных на заповедник. В соответствии со ст. 108 "Земельного кодекса Российской Федерации" права землепользователей, лесопользователей, водопользователей, пользователей недрами могут быть ограничены и на них могут быть возложены соответствующие обязанности в порядке установленном законодательством Российской Федерации и Республики Саха (Якутия).
4.1. Всякая деятельность в пределах охранной зоны, нарушающая природные комплексы или угрожающая сохранению соответствующих объектов запрещается, а именно:
-нахождение лиц, непосредственно незанятых производственной деятельностью, за исключением случаев, предусмотренных настоящим Положением;
-охота на диких животных и лов рыбы, за исключением случаев, предусмотренных настоящим Положением;
-разорение гнезд птиц и сбор яиц в хозяйственных целях и личных интересах граждан;
-выжигание любой растительности;
-сбор цветов, лекарственно-технического сырья;
-уничтожение редких и исчезающих видов растений и животных;
-применение всех видов ядохимикатов;
-беспривязное содержание собак;
-нахождение транспортных средств, не обусловленное производственной необходимостью;
-причаливание и стоянка водного транспорта и плотов в непредусмотренных местах, за исключением случаев предусмотренных настоящим Положением;
-засорение территории мусором и отходами производства;
-устройство неорганизованного туризма, привалов, бивуаков, разведение огня и все формы отдыха населения, кроме специально отведенных мест;
-всякая деятельность человека, приносящая вред животным, растениям и среде их обитания, не предусмотренная настоящим Положением и противоречащая целям и задачам охранной зоны заповедника без специального согласования с администрацией заповедника;
-администрация заповедника, по согласованию с районной администрацией на местах, имеет право не разрешать промысел песца, дикого северного оленя и любительскую охоту на водоплавающую дичь в особо ценных участках охранной зоны заповедника в зависимости от конкретных условий, а также приостанавливать работы, при проведении которых систематически нарушаются правила, нормы и иные требования по охране и использованию животного мира по охране среды обитания, условий размножения и путей миграций животных, впредь до устранения нарушений.
В пределах охранной зоны допускается:
-судоходство по р. Лена, протокам Быковской, Оленекской, Б.Трофимовской и Бкарчахской на всех видах транспорта судов Ленского речного пароходства, Арктического морского пароходства, Тиксинской гидробазы, ТУГМ, рыбзавода "Быковский", колхоза "Арктика", совхозов "Булунский", "Таймылырсжий" и других хозяйств, организаций, учреждений и ведомств;
-Ленскому бассейновому управлению - содержание и выбор мест плотоотстоя и якорных стоянок в связи с изменением судового хода, ухудшением метеоусловий и в случае других непредвиденных аварийных обстоятельств;
-ремонт и производство других хозяйственных работ на судах речного флота, находящихся в пределах охранной зоны, в случае какой-либо непредвиденной аварийной ситуации;
-установка, эксплуатация и ремонт знаков плавучей судоходной обстановки;
-сплав леса по р. Лена, Быковской и Оленекской протоках в народнохозяйственных целях;
-движение на моторных транспортных средствах штатных работников заповедника для выполнения служебных обязанностей;
-функционирование п. Тит-Ары и полярной станции "Антипинская" и осуществление в них хозяйственной деятельности, связанной с выполнением заданий, предусмотренных государственным планом;
-проживание коренного населения колхоза "Арктика" и совхоза "Таймылырский" в существующих рыбопромысловых и охотничьих угодьях, а также в одиночных поселениях; .
-хозяйственная деятельность работников заповедника, колхоза, совхозов, полярных станций в местах их постоянного жительства, возведение необходимых для жизни и деятельности зданий и сооружений, сбор плавника с целью заготовки дров и строительного материала;
-промысловый вылов рыбы на закрепленных участках, в соответствии с действующими Правилами рыболовства в Республике Саха (Якутия), в пределах утвержденного плана и отпущенного лимита;
-промысел песца колхозом "Арктики" и совхозами "Булунский", "Таймылырский" в установленные сроки, согласно действующим правилам охоты на территории Республики Саха (Якутия), в пределах утвержденного плана;