4.1. Служба возглавляется начальником, назначаемым на должность и освобождаемым от должности министром образования Республики Саха (Якутия).
4.2. Начальник Службы несет персональную ответственность за выполнение возложенных на Службу задач
4.3. Начальник Службы в пределах своей компетенции:
4.3.1. Осуществляет общее руководство работой Службы.
43.2. Издает распоряжения, положения и инструкции, касающиеся деятельности Службы и обязательные для исполнения всеми работниками Службы, подведомственных учреждений.
4.3.3. В соответствии с трудовым законодательством вносит предложения министру о назначении (утверждении) на должность на контрактной основе и увольнении (освобождении) от должности специалистов, подведомственных учреждений.
4.3.4. Представляет в установленном порядке отличившихся работников к присвоению почетных званий, к награждению правительственными и ведомственными наградами.
4.3.5. Приостанавливает исполнение либо отменяет приказы и инструкции подведомственных учреждений, противоречащие действующему законодательству.
4.3.6. На основании доверенности Министерства образования Республики Саха (Якутия) представляет Министерство образования Республики Саха (Якутия) в судебных, арбитражных и других государственных, общественных органах и учреждениях, в вопросах, касающихся деятельности Службы.
4.3.7. Осуществляет другие полномочия в соответствии с законодательством Республики Саха (Якутия), Российской Федерации, Положением о Министерстве образования Республики Саха (Якутия) и Службы.
4.4. При Службе создаются и действуют Советы.
4.5. При Службе для коллегиального решения локальных задач могут создаваться другие Советы (юридический и др.), комиссии.