Железнодорожный транспорт в перспективе должен стать ведущим опорным звеном в системе транспортных магистралей круглогодичного действия. Стратегические задачи, решаемые для республики с завершением строительства железнодорожной линии Беркакит-Томмот-Якутск с мостовым переходом через р. Лена, состоят в повышении надежности системы транспортного обслуживания республики, снижении транспортных издержек грузополучателей, ускорении оборачиваемости материальных и финансовых ресурсов.
Ввод в эксплуатацию железной дороги до г. Якутска позволит интегрировать в зону круглогодичного транспортного сообщения центральные, восточные и западные районы республики с охватом 83% населения Якутии. С переключением перевалки грузов с железной дороги в речных портах Якутского транспортного узла на суда смешанного "река-море" плавания изменится схема и эффективность доставки грузов и в арктические районы.
С постройкой железной дороги станет возможным вовлечение в хозяйственный оборот целого ряда месторождений полезных ископаемых (железная руда, уголь, апатиты, нефть, газ и др.).
Учитывая общегосударственное значение Амуро-Якутской магистрали, к финансированию ее строительства должны привлекаться средства из всех источников, включая федеральный и региональный бюджеты, и внебюджетные источники с привлечением внешних и внутренних заимствований под государственную гарантию.
Направления развития железнодорожного транспорта в республике предусматривают также строительство железнодорожных подходов к объектам освоения природных ресурсов. Крупнейшим проектом, имеющим огромное значение для экономики республики, является строительство подъездного железнодорожного пути Улак-Эльга. Строительство этой ветки позволит освоить крупнейшее Эльгинское угольное месторождение с прогнозными запасами энергетических и коксующихся углей около 2,8 миллиардов тонн. В перспективе угли Эльгинского месторождения должны заместить выбывающие поставки с Нерюнгринского бассейна и удовлетворят растущие потребности энергетического комплекса Дальневосточного региона, позволяют занять более значительную долю на угольном рынке Азиатско-Тихоокеанского региона.
Для дальнейшей реализации проекта строительство подъездного пути должно быть включено в проект освоения месторождения, расчет экономических показателей, а также привлечение инвестиций произвести в рамках объединенного проекта.
Кроме того, необходимо рассмотреть вопрос строительства железнодорожных подходов к Кангаласскому угольному разрезу, месторождениям железных руд и апатитов Алданской группы. Расчеты экономической эффективности, обоснование инвестиций, и разработка механизмов привлечения инвестиций на реализацию этих проектов должны быть произведены с учетом строительства подъездных железнодорожных путей.
На отдаленную перспективу в настоящее время изучаются варианты строительства Трансконтинентальной железнодорожной линии с выходом на Берингов пролив. Северо-Сибирской и Полярной широтных магистралей. Эти проекты включают как соединительные линии железную дорогу Беркакит-Том мот-Якутск, а также меридиональные железнодорожные магистрали на г. Ленек, г. Мирный.