Водный транспорт сохранит свою важную роль в транспортном обеспечении республики, так как в долгосрочной перспективе при доставке грузов в арктические и западные районы республики он останется безальтернативным. С вводом железной дороги до г. Якутска произойдет относительное уменьшение завоза грузов речным транспортом в центральные районы, в арктические улусы часть грузов смешанного железнодорожно-водного сообщения будет доставляться с перевалкой в Якутском транспортном узле - портах п. Нижний Бестях и г. Якутск.
В связи с освоением месторождений углеводородного сырья в перспективе объёмы перевозок грузов речным транспортом в республике будут расти.
Важной стратегической целью является доведение параметров и категорий внутренних водных путей республики до значений, обеспечивающих достаточную пропускную способность для речного судоходства. Первостепенной задачей ставится доведение габаритов водных путей до уровня начала 1990-х годов, восстановление эксплуатационной надежности выправительных сооружений, реконструкция путевого хозяйства, строительство и модернизация флота технического и экологического флота. Выполнение этих задач предполагает увеличение финансирования из федерального бюджета, а также софинансирование содержания водных путей регионального значения из республиканскою бюджета. Транспортной стратегией России предусматривается проведение реформы разделения водных путей на пути федерального и регионального значения с передачей последних в управление республике.
Государство призвано создать благоприятные условия для надежного функционирования и развития национальной трассы Северного морского пути и в формировании транспортной инфраструктуры, обеспечивающей этот процесс. Развитие Северного морского пути (СМП) как транспортной магистрали федерального и трансконтинентального значения позволит решить следующие задачи:
во-первых, обеспечить транспортировку грузов в арктические районы республики. Северный морской путь является соединительным звеном и продолжением внутренних водных путей республики для завоза грузов в арктические районы республики. Сохранение и поддержание работоспособности этой единой транспортно-технологической системы является важной задачей;
во-вторых, развитие морских перевозок по СМП для обеспечения завоза грузов из других районов страны и реализация транзитного потенциала СМП. Северный морской путь может стать самостоятельным евроазиатским коридором, связывающим страны ЕС и АТР.
Необходимо восстановление участков СМП, прилегающих к побережью республики от устья реки Анабар до устья реки Колыма. За счет средств федерального бюджета должно быть обеспечено эффективное функционирование и развитие элементов транспортной системы, находящихся в федеральной собственности - систем навигационно-гпдрографического и гидрометеорологического обеспечения, аварийно-спасательных cyдов, дальней радиорелейной и космической связи. Безопасность плавания по Северному морскому пути должна быть доведена до уровня международных стандартов, определяемых требованиями Глобальной морской системы связи и спасения при бедствии на море (ГМССБ).
Следует осуществить развитие береговой инфраструктуры путем модернизации морских портов республики, обеспечить взаимодействие портов и рейдовых пунктов перевозки грузов, создать условия для возобновления экспорта через СМП продукции, производимой в республике.
Необходимо укрепить правовой механизм функционирования Северного морского пути как национальной единой магистрали России в Арктике, создать организационные и экономические предпосылки для обеспечения эффективной хозяйственной и транспортной деятельности всех участников процесса возрождения СМП, формирования самоокупаемой трансконтинентальной магистрали.
Для стабильного обеспечения северного завоза необходима радикальная модернизация водного транспорта. В условиях старения флота жизненно важное значение для республики имеет вопрос реновации и обновления флота смешанного "река-море" плавания. Только этими судами возможен завоз энергоносителей и продовольствия в арктические районы для государственных нужд и обеспечение разгрузки морских танкеров, прибывающих по СМП. Предприятия речного транспорта не имеют достаточных накоплений для строительства флота такого класса. Задача пополнения флота может быть решена только при государственной поддержке из федерального и республиканского бюджетов.
Требуется модернизация существующего и строительство нового мелкосидящего и малотоннажного грузового флота, осуществляющего перевозку грузов на малые реки с расчетом освоения верховий Алдана, Мархи, Яны, Анабара, Май и других рек, а также судов двойного применения - сухогрузно-наливных теплоходов, наиболее экономичных на арктических реках и р.Алдан.
Необходимо полное обновление пассажирского речного флота.
Требуется законодательное закрепление транспортной деятельности паромных переправ на федеральном уровне. При этом для обеспечения безопасного функционирования паромных переправ необходимо восстановление судоходных параметров фарватеров в местах организации переправ, находящихся в составе федеральных водных путей и сооружение стационарных береговых терминальных устройств (причалов для судов (составов) - паромов) в составе федеральных автомобильных дорог "Колыма" и "Лена".