Информационно-управляющая подсистема экологического мониторинга создается с целью технологического обеспечения процессов управления данными, включающими в себя сбор, хранение, обработку информации (статистической, структурной, аналитической, целевой, тематической), проверки их качества и координации деятельности всех функциональных элементов системы экологического мониторинга.
Важнейшей функцией информационно-управляющей подсистемы экологического мониторинга является формирование информационных ресурсов, их хранение и обеспечение доступа к ним.