Информационно-управляющая подсистема (ИУП) экологического мониторинга представляет собой специальную структуру системы экологического мониторинга Республики Саха (Якутия), состоящую из совокупности соединенных телекоммуникационными сетями центров управления и информационно-аналитических центров.
Основной функцией информационно-управляющей подсистемы экологического мониторинга является управление данными, знаниями, сведениями и информацией, генерированными измерительными средствами, информационно-обрабатывающими структурами функциональных и других подсистем системы экологического мониторинга, а также хранящимися в специализированных банках данных и знаний.