Основными принципами ведения экологического мониторинга являются:
1) непрерывность наблюдений, проводимых в необходимом и достаточном объеме;
2) оперативность наблюдений в чрезвычайных ситуациях;
3) системность организации наблюдений и контроля;
4) единство и сопоставимость методов наблюдений и контроля сбора, обработки, хранения и распространения полученной информации;
5) достоверность информации о состоянии объектов экологического мониторинга и ее доступность для потребителей;
6) коллегиальность в прогнозе результатов экологического мониторинга при подготовке проектов управленческих решений;
7) учет данных экологического мониторинга при формировании и реализации государственной стратегии развития Республики Саха (Якутия);
8) ведение экологического мониторинга при осуществлении хозяйственной и иной деятельности, оказывающей прямое или косвенное воздействие на окружающую среду, строгое соблюдение требований по обеспечению экологического мониторинга всеми субъектами хозяйственной и иной деятельности.