Финансирование функционирования системы экологического мониторинга осуществляется за счет средств федерального бюджета, выделяемых соответствующим ведомствам на ведение экологического мониторинга, реализацию соответствующих федеральных целевых программ, а также за счет средств государственного бюджета Республики Саха (Якутия), внебюджетных средств, собственных средств предприятий и иных источников.