Основными задачами Коллегии являются:
2.1. Разработка и реализация государственной политики по развитию и поддержке транспортного комплекса и дорожного хозяйства Республики Саха (Якутия), направленной на максимальное удовлетворение спроса населения и потребностей государства в транспортных услугах при перевозках морскими и внутренними водными путями, по автомобильным и железным дорогам, в воздушном пространстве, улучшение транспортно-эксплуатационного состояния автомобильных дорог и водных путей общего пользования.
2.2. Предварительное рассмотрение проектов (прогнозов) государственных программ по вопросам транспортного комплекса и дорожного хозяйства.
2.3. Рассмотрение вопросов взаимодействия республиканских и федеральных органов исполнительной власти в области транспортного комплекса и дорожного хозяйства.
2.4. Рассмотрение проектов нормативных правовых актов.
2.5. Рассмотрение предложений по определению приоритетов инвестиционной и инновационной политики Республики Саха (Якутия).
2.6. Рассмотрение и принятие решений по итогам проведенных балансовых комиссий и проверок.
2.7. Выработка стратегии Министерства транспорта и дорожного хозяйства Республики Саха (Якутия) по основным направлениям деятельности, подбору, расстановке и подготовке кадров.
2.8. Вопросы представления работников Министерства транспорта и дорожного хозяйства Республики Саха (Якутия) и подведомственных организаций к государственным наградам и присвоению почетных званий Российской Федерации и Республики Саха (Якутия).