Фонд осуществляет контроль за ходом реализации Программы и целевым использованием финансовой поддержки, проводит мониторинг реализации Программы в соответствии с полномочиями, установленными Федеральным законом о Фонде.
Правительство Республики Саха (Якутия) контролирует исполнение мероприятий Программы государственным заказчиком и участниками Программы. Рассматривает вопросы реализации Программы на заседаниях Правительства Республики Саха (Якутия).
Государственный заказчик Программы координирует и контролирует исполнение мероприятий Программы участниками Программы, проводит мониторинг реализации Программы, является ответственным исполнительным органом государственной власти Республики Саха (Якутия) по работе с Фондом. Представляет необходимые отчеты о реализации Программы в Фонд в установленные сроки, готовит и вносит на утверждение Президенту Республики Саха (Якутия) квартальные (годовые) отчеты для представления в Фонд.
Участники Программы - основные исполнители мероприятий Программы подконтрольны Правительству Республики Саха (Якутия) и государственному заказчику, осуществляют мероприятия Программы с соблюдением установленных сроков, ответственны за исполнение Программы. Представляют отчеты о реализации Программы государственному заказчику в установленные сроки. В случае, если участником Программы является муниципальный район, взаимодействие между муниципальным районом и муниципальным поселением, на балансе которого расположены аварийные многоквартирные дома, осуществляется посредством заключения соглашения.
Взаимодействие по реализации Программы государственного заказчика и участников Программы осуществляется путем заключения соглашения, исполнение (неисполнение) обязательств по которому регулируется действующим законодательством.