Управление за реализацией Программы осуществляет государственный заказчик - Министерство здравоохранения Республики Саха (Якутия).
Министерство здравоохранения Республики Саха (Якутия) осуществляет подготовку проектов по реализации мероприятий Программы, контролирует их исполнение, координирует деятельность исполнителей мероприятий Программы, осуществляет анализ и обобщение результатов, участвует в оценке эффективности реализации Программы, подготавливает проект плана мероприятий по реализации Программы на предстоящий год.
Государственный заказчик - Министерство здравоохранения Республики Саха (Якутия) с учетом выделяемых на реализацию Программы финансовых средств ежегодно уточняет целевые показатели и затраты по программным мероприятиям, механизм реализации Программы, состав исполнителей.
Министерство здравоохранения Республики Саха (Якутия) направляет в Министерство экономики и прогнозирования Республики Саха (Якутия) информацию о ходе реализации Программы в установленном порядке.