Анализ перспективы развития производительных сил Республики Саха (Якутия) показывает, что за водным транспортом сохраняется роль одного из основных участников перевозки грузов по внутренним водным и арктическим морским путям Ленского бассейна РС (Я).
Мероприятия подпрограммы направлены на развитие речных портов и пристаней, обеспечения безопасности внутреннего плавания, мореплавания и экологической безопасности. Подпрограммой учтено изменение распределения схем завоза грузов с вводом железной дороги до г. Якутска, завершение строительства опорной сети дорог, изменение топливно-энергетического баланса республики с учетом перевода котельных арктических улусов на твердое топливо (уголь) [8], строительство каскада ГЭС в южной Якутии.
Эффективное функционирование водного транспорта РС (Я) будет зависеть от реализации комплекса мер по доведению параметров и категорий водных речных и морских путей до значений, обеспечивающих их гарантированные габариты и безопасную работу флота, разработки баровых участков рек Яна, Индигирка и устьевых проток реки Лены., планового технологического обновления портовой механизации и гидротехнических портовых сооружений, развития инфраструктуры пассажирских речных перевозок и повышения качества транспортных услуг до уровня требований международных стандартов ISO 9001 "Системы менеджмента качества" в рамках присоединения в 2007 году Российской Федерации к ВТО, своевременного и полного обеспечения финансирования целевой программы.
В настоящее время водный транспорт в республике представлен судоходными компаниями: ОАО "Ленское объединенное речное пароходство", ОАО "Колымская судоходная компания", ОАО "Янское речное пароходство", ООО "Холдинговая компания "Якутский речной порт" с дочерними предприятиями ООО "Судоходная компания "Якутск", ООО "Судоходная компания "Вилюй", ООО "Пассажирское районное управление", ООО "Речной порт "Якутск", ОАО СК "Арктическое морское пароходство", дочерняя компания АК "Алроса" - ОАО СК "Алроса-Лена" и предприятиями перегрузочного комплекса: ОАО "Морской порт Тикси", ООО "Зеленомысский речной порт". В транспортном процессе Ленского бассейна также участвуют предприятия Иркутской области - ОАО "Киренская РЭБ флота", ОАО "Алексеевская РЭБ флота", ОАО "Осетровский речной порт", ООО "Верхнеленское речное пароходство", ООО "Верхнеленская РЭБ".