Ключевым проектом создания опорной транспортной сети республики и главным стратегическим объектом транспортного строительства является строительство железнодорожной линии Беркакит-Томмот-Якутск.
Строительство данной дороги включено в перечень важнейших проектов Транспортной стратегии России, имеющих общегосударственное значение. Стратегические задачи, решаемые сооружением железнодорожной линии Беркакит-Томмот-Якутск с мостовым переходом через р. Лена, состоят в повышении пропускной способности и надежности системы транспортного обслуживания республики, снижении транспортных издержек в отраслях хозяйственного комплекса республики, ускорении оборачиваемости материальных и финансовых ресурсов.
С постройкой железной дороги станет возможным вовлечение в хозяйственный оборот ряда крупных месторождений полезных ископаемых (железная руда, уголь, апатиты, нефть, газ и др.) в районах республики, тяготеющих к этой магистрали. Железная дорога позволит интегрировать в зону круглогодичного транспортного сообщения центральные, восточные и западные районы республики с охватом 83% населения Якутии.
Подпрограммой предусмотрен ввод пускового комплекса Томмот-Якутск (Нижний Бестях) эксплуатационной длиной 451,6 км к 2013 году[5].
Максимальная социально-экономическая эффективность строительства железнодорожной линии достигается при сооружении совмещенного мостового перехода через реку Лена в районе г. Якутска, который соединит действующие и строящиеся широтные автомагистрали "Колыма", "Вилюй" и "Амга" со строящейся меридиональной железной дорогой Беркакит - Томмот – Якутск.
Подпрограммой предусматривается также начало проектирования и строительства с 2010 года совмещенного мостового перехода через реку Лена с подходами (включительно) -ст. Якутский речной порт, ст.Якутск-грузовая - ст. Якутск-пассажирская общей протяженностью 109 км, в т.ч. 3,2 км - протяженность мостового перехода.
Мостовой переход обеспечит круглогодичное транспортное сообщение с Западной частью Якутии.