Система программных мероприятий направлена на освоение перспективных объемов перевозок грузов и пассажиров, преодоление сложившихся диспропорций в развитии транспортной системы, улучшение состояния ее материально-технической базы, применение современных технологий перевозок, переработки и хранения грузов, повышение качества перевозок пассажиров, расширение набора услуг, предоставляемых грузовладельцам и другим участникам транспортного процесса.
Включенные в Программу мероприятия сгруппированы в подпрограммы по отраслевому признаку с учетом их функциональной однородности и взаимосвязанности, а также рационального управления реализацией Программы. Программа включает в себя семь подпрограмм, сформированных по отраслевому принципу: "Железнодорожный транспорт", "Автомобильные дороги", "Воздушный транспорт", "Внутренние водные пути", "Внутренний водный транспорта", "Автомобильный транспорт", "Кадровое обеспечение предприятий транспортного комплекса"; две программные задачи, сформированные по функциональному принципу - "Научное обеспечение Программы", "Общепрограммные мероприятия".
Во всех подпрограммах сформированы задачи, по каждой из которых предусмотрено ресурсное обеспечение. Задачи дополняются перечнями более детально проработанных проектов и мероприятий, характеризующихся техническими, технологическими и другими особенностями.
Программные мероприятия, направленные на организацию научно-исследовательских и опытно-конструкторских работ, совершенствование нормативной правовой базы, сопровождаются сведениями о целях работ, сроках реализации, стоимости работ и источниках финансирования.
Во всех подпрограммах выделяются три основных направления расходов: на капитальные вложения, прочие текущие расходы, научно-исследовательские и опытно-конструкторские работы.
Для характеристики экономической эффективности подпрограмм и Программы в целом используются показатели, позволяющие дать обобщающие оценки общественной, коммерческой и бюджетной эффективности.