Протяженность водных путей Ленского бассейна составляет 21,8 тысяч километров, из них обслуживаемые пути - 13,6 тысяч километров, обеспеченность гарантированными глубинами составляет 9,0 тысяч километров (реки Лена, Алдан, Вилюй, Яна, Индигирка, Колыма, боковые и малые реки).
В подпрограмме решаются задачи повышения пропускной способности внутренних водных путей, обеспечения безопасности на них, модернизации технического и экологического флота.
Приоритетной задачей ставится доведение параметров и категорий внутренних водных путей республики до значений, обеспечивающих достаточную пропускную способность для речного судоходства. Для выполнения комплекса мероприятий по поддержанию гарантированных габаритов внутренних водных путей и обеспечению безопасности судоходства в целях безусловной доставки грузов в отдаленные и арктические местности Республики Саха (Якутия) ФГУ "Ленское ГБУВПиС" необходимо финансирование на содержание арктических рек Яна, Индигирка и Колыма.
С учетом прихода железной дороги до г. Якутска необходима разработка и содержание подходов и рейдов для стоянки флота у порта Нижний Бестях и Якутск с гарантированными глубинами 2,9 м. Для обеспечения работы крупнотоннажного флота с полной загрузкой в приоритетном порядке планируется содержание водного пути на участке Якутск - Быков мыс протяженностью 1638 км с обеспечением гарантированных глубин 2,9 метров. Для гарантированного обеспечения грузов в арктические улусы республики необходимо увеличить гарантированные глубины до 3,0 метров на барах рек Яна, Индигирка, Колыма с разработкой морских баровых участков.
В настоящее время большая часть выправительных сооружений пришла в негодность и не выполняет своих проектных функции, как руслостеснительных сооружений.
Программные мероприятия по развитию внутренних водных путей финансируются из федерального бюджета с привлечением на отдельные мероприятия внебюджетных источников, в том числе собственных средств ФГУ ЛГБУВПиС.