6.1. Министерство возглавляет министр науки и профессионального образования Республики Саха (Якутия) (далее по тексту - министр), назначаемый на должность и освобождаемый от должности Президентом Республики Саха (Якутия) в установленном законом порядке.
6.2. Министр имеет первого заместителя, назначаемого на должность и освобождаемого от должности Президентом Республики Саха (Якутия), и не более 2 заместителей, назначаемых на должность и освобождаемых от должности в порядке, установленном Президентом Республики Саха (Якутия).
6.3. Министр:
6.3.1. Несет персональную ответственность за выполнение Министерством возложенных на него задач и осуществление своих функций.
6.3.2. Осуществляет на принципе единоначалия оперативное руководство деятельностью Министерства, принимает решения в пределах своей компетенции.
6.3.3. Проводит заседания Министерства, коллегии Министерства, подписывает и издает распоряжения и приказы, имеющие общенормативный характер на территории Республики Саха (Якутия).
6.3.4. Вносит в установленном порядке на рассмотрение Правительства Республики Саха (Якутия) проекты законодательных и нормативных актов по вопросам, входящим в компетенцию Министерства.
6.3.5. Утверждает структуру и штатное расписание Министерства в пределах установленного Правительством Республики Саха (Якутия) фонда заработной платы с учетом реализации нормативных актов Президента и Правительства Республики Саха (Якутия) относительно порядка формирования структуры органов исполнительной власти, соотношения категории должностей государственных служащих, оплаты труда и пр.
6.3.6. Распределяет обязанности между заместителями министра и руководителями структурных подразделений.
6.3.7. Назначает на должность и освобождает от должности работников аппарата Министерства.
6.3.8. Утверждает уставы находящихся в ведении Министерства учреждений и организаций, в установленном порядке назначает (утверждает) на должность и освобождает от должности руководителей этих учреждений и организаций.
6.3.9. Утверждает председателей аттестационных комиссий образовательных учреждений, независимо от формы собственности.
6.3.10. Вносит в установленном порядке в ученые советы вузов федерального и республиканского подчинения кандидатуры на избрание руководителями образовательных учреждений.
6.3.12. Вносит на рассмотрение Президиума Академии наук Республики Саха (Якутия), Президиума Якутского научного центра СО РАН, Президиума Якутского научного центра РАМН, ученые советы научных учреждений кандидатуры руководителей научных структур.
6.3.13. Делегирует в необходимых случаях отдельные предоставленные ему полномочия подчиненным должностным лицам.
6.4. В Министерстве образуется коллегия в составе министра (председателя коллегии), заместителей министра, представителей министерств и ведомств, руководителей научных и образовательных учреждений.
Персональный состав коллегии утверждается распоряжением Правительства Республики Саха (Якутия) по представлению министра.
Коллегия осуществляет свою деятельность в соответствии с Положением, утвержденным Правительством Республики Саха (Якутия).